按照计划，第二部将会以多个篇章连接在一起，时间会连贯在一起，每一个篇章的主角也不会相同，以不同人的视角来续写故事，不过作为第一代主角科城还是会出现在每一篇章里当做次要人物来描述。
第二部计划是章节总数为50章，一共分为七个篇章来组合在一起。
总共分为：追忆篇、罪责篇、执意篇、作战篇、噩梦篇、黑历史篇、终焉篇
第二部的字数也会太多，每章大约都是3000字左右了，也就是说第二部会在第二部以内完结，毕竟只是发生在一个小地区为背景的舞台。
人造新人类计划也会在黑历史篇完全讲述完，再终焉篇将会是填第一部留下来的坑以及外传的坑，而MSV系列的机体会在作战篇开始陆续登场，前三个篇章主要是为了铺垫作用，噩梦篇将会讲述TMS（菲普洛斯反叛组织）的灭亡以及出现的原因。
其他情报：
1.关于北欧军事同盟：并不会在本部中出现过多的描述，只有轻描淡写，将会在第三部剧情预想中的真正意义的世界大战（不同于东亚人民共和国与太平洋联合军的两大联盟战争），而北欧军事同盟的发展程度已经远超东亚以及太平洋联合，唯独菲普洛斯可以与之抗衡。
2.关于罗恩扭曲的“人造新人类计划”：对拥有可能性是SLM携带者的人进行数据登记，之后开始研发相关药物对SLM携带者进行操控，同时搅起正常人和SLM携带者的冲突，目的就是消灭正常人，对服从服用基因药物的正常人进行拘束。
3.关于粒子压缩装置/推进器：其研发的试验品是出自旧时代E科准备研究的资料里，最开始是CARN公司对旧E科遗留下来的基地里进行大规模的搜寻，之后与菲普洛斯进行了技术交易，菲普洛斯也就获得了这一研究资料，最初CARN很确定菲普洛斯不可能研制出来，但是当真正问世的时候，CARN才开始了自我研发。这个推进器是通过压缩粒子衰变获得的能量来产生推力，目前还无法做到小型化，暂时只能够应用到菲普洛斯新研发的穿梭机上，该装置无法长时间运转，因为产生的热量过热会导致过载，所以只能短时间运转，无法长时间使用原因之一就是现在E碳sp02材料无法满足过高的热量，以及隔热效果也并不好。
4.关于维尔拉特市：是东亚人民共和国与菲普洛斯共同管理的一个岛屿，在面积上和菲普洛斯主岛差距并不大，本质上是共同研发区，但实际上的控制权已经是菲普洛斯所控制了，虽然
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