永历十四年正月，随着洪承畴告病返京，清廷命吴三桂留镇云南，全权负责该省军民事务。吴三桂大权在握，已是名副其实的云南王。
没想到就在此时，清廷要尽撤八旗军并裁汰绿营的谕旨传至昆明，吴三桂大吃一惊，赶紧上疏顺治帝，声称尽管清军已经收取云南，但滇中局势尚未稳定，分散于各地的明朝残余势力还有很多，若边境隐患一日不消除，则全国兵马一日难得安宁，故而此时越是军费繁重，越是应当考虑周全，不能半途而废。
为此吴三桂在疏中着重向顺治帝分析了“三患二难”：
永历帝如今虽已遁逃入缅，但明军残部仍在李定国、白文选诸将的率领下，打着永历帝的旗号，活跃于三宣六慰、孟艮一带，如果不趁现在云南新收，天威震赫之时大举入缅，彻底消灭残明势力，一旦等到明军各部恢复元气，卷土重来，届时战火重燃，周而复始，永无休止，清廷必将陷入被动局面，从此疲于奔命，难以收拾，此为一患在门户。
云南土司反复无常，唯利是图，若清廷对永历帝避难缅甸一事熟视无睹，明朝残部便会继续以永历帝之名，号召各路土司军，许之以高官厚禄，发动叛乱。到时候烽烟再起，海内动荡，此为二患在肘腋。
从大明、大顺、大西各处投降而来的兵马，清廷虽都已经做了妥善安排，但不见得这些人全部都是真心归附，如果他们听说永历帝在缅甸养精蓄锐，难免会有怀念和牵挂之想，万一边关有警，这些人起了复明之心，群起响应，后果不堪设想，此为三患在腠理。
而如今清廷兵马云集于滇，粮饷全靠民间征收，各省难以接济，若等到粮饷难以征收之时，清军将很难在云南立足，此为一难。
现如今赋税太重，云南境内民不聊生，逃亡者甚众，清廷官府有心无力，此为二难。
鉴于上述的“三患二难”，吴三桂建议顺治帝长痛不如短痛，必须速战速决，尽快进兵，早收全局。
此份上疏虽是吴三桂从自己想成为“云南王”的私心出发，借清廷之箸为自己谋划，但其对当前局势的分析还是十分准确的。顺治帝读罢猛然醒悟，只要永历帝及其太子尚在人世，则西南边陲、东南沿海、夔东山区的抗清武装以及潜伏于中原大地的复明势力就有了心理上的寄托，大明复兴的希望就永远不会灭绝。
念及至此，在经议政王、贝勒、大臣会议后，顺治帝于四月三十日正式下旨，同意吴三桂进剿之请，并由户部拨给饷银三百三十万两，以内大臣爱星阿为定
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