太平军进入武昌城后，并没有按照过去的制度，把汉人的俘虏放走。这次太平军进行了甄别，凡是去过长沙的都一律斩首，这是替西王报仇。
一阵杀戮后，太平军开始恢复城里的秩序，清洗血迹，修复城墙，在城外半里地还修筑了一道土墙，防止敌人的突然袭击。同时又在黄鹄山建立了一座几丈高的望楼，用于监视清军的动向，一旦清军意图进攻，就会拉响警报，让守军上城防守。
在城内太平军也严肃纪律，禁止入室抢劫强奸，如有违者格杀勿论。左脚踏进民房砍左脚、右脚踏进民房砍右脚。太平军刚入城的时候，几个武昌城里的流氓还扮成太平军到处抢劫钱财，结果被真的太平军抓获，当众砍了脑袋，维持住了武昌战后的秩序。
杨秀清又在武昌清查户口，编制户籍，查获藏在民居里的清兵。他按照太平军的编制，每二十五人武昌居民组成一个单位，由一个司马进行统一管理。城内男女分营，所有人解开辫子，穿短装，上面印有天国的番号。其中没有生活能力的孤儿、残疾人、病号也都做了安排，分别设营，管吃管住。
对于商贾富人，太平军限时让他们上供，并建立“进贡公所”。贡品上至金银、粮谷，下至鸡鸭鱼肉、茶叶都可。生活用品打借条，贵重金属，发放荣誉证书。那些武昌富户怕太平军抄他们家，拎着大包小包的东西前来公所进贡。最高的有人进贡上万两银子，以求保命。
对于精神信仰，东王也毫不松懈，要求全体居民都信上帝，把一些佛像、观音像全砸了。所有人都要分批去阅马场听太平天国的神职人员讲宗教、讲天国的法律政策、进行政治动员，统称为“讲道理”。
好不容易忙得差不多了，杨秀清才有时间召见小山。
小山早就等着了，英子的事还没有处理完呢。
“听侍卫说你来找过我，有什么事吗？”杨秀清一边问，一边还在琢磨着事情。
杨小山不敢一开口就说小丫头的事，只能先绕个弯说道：“也没什么事，就是想打听下咱们什么时候向南京进发，好有个准备。”
杨秀清抬起头，笑眯眯地说：“怎么？刚打下武昌，就这么迫不及待了？咱们得在武昌呆一段时间，好好休整一下，你不知道这一次咱们收获非常大！光这省城的库银就达到了上百万两，还有那湖广总督程矞采，他虽然不在武昌，但他府邸在这里，你猜猜抄了多少银子？”
“十万银子？”杨小山猜到，因为他知道那个常巡抚家不过抄出了几百两银子
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