军务院在二十二日当天就制定并下发了关于辽东作战的草案，第二天就送到了辽东前线并说明只作参考，如有不同意见立即上报。辽东督师高第在腊月二十四召开了军事会议，文官有经略熊廷弼、巡抚王化贞、宁前道袁崇焕、御史监军黄道周和御史监军卢象升，武将有山海关总兵马世龙、宁远总兵满桂，还有副将赵率教、副将朱梅、参将张静安，几个游击祖大寿、何可纲、曹文诏、左良玉等人也一起来旁听。
虽说是军事会议人来得也多，但因为大明一贯是以文制武，所以会场就成了几个文官的表演场地，武将们一个个眼观鼻鼻观心不动如山，因为他们知道讲道理是自己的弱项还不如闭上嘴巴养神。而在几个文官中，熊廷弼和王化贞虽然职位高但因为是败军失地之人所以也不怎么讲话，知道自己说出来的话别人未必肯听，如果据理力争别人只需要问一句话：‘你这么厉害当年怎么败得那么惨？’自己只有掩面而走的份。
这样一来军事会议就成了督师高第跟宁前道袁崇焕之间的交流了，高第首先安排了三万守军的职责。以前的辽东军队虽然有十几万，但老兵油子多还有怕打仗的胆小之人，加上还有思乡的客兵整个军队的战斗力那是相当的低下。根据军务院的要求几月前遣返了客兵并从十几万人中挑选出愿战敢战的二万五千人组建了一万骑兵，还有山地步兵、陆战水师和车营各五千，又再挑选了不惧怕据城坚守的守城兵三万，这三万人虽不是十分勇敢但至少不会一见敌人就跑。
在高第的安排中马世龙带一万人守山海关，熊廷弼带一万人由参将张静安协助守宁远关，袁崇焕带一万人由总兵满桂协助守宁远城，这些大家都没有意见。但是在安排那二万五千机动部队时袁崇焕提出了不同意见并与高第发生了争执。
高第说道：“军务院的安排是五千山地步兵营巡守窟窿山以西地段，那儿虽有边墙箭塔外面敌人的骑兵也不好走，但地段长约有七八里，万一遇到敌人弃马翻越边墙过来也是麻烦事。”
刚说完第一句袁崇焕就不同意，他说：“那里箭塔密集，根本不需要人巡守，就算敌人翻越过来也没多大用处，只要敌人的骑兵进不来没必要管，这五千人应该进宁远城协助守城，现在城里只有一万人太少。”
高第说：“宁远城北门外排着十几列月字关城根本不需要费多大心，东面地势狭窄且高低不平不利于敌人马队，只有南门空旷但有一万骑兵和车营、水师陆战营各五千，加城内一万人共三万人内外配合你还有什么不放心的？”
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