所谓，大不了撕破脸互相骂仗就可以，但是倪元璐是一个斯文人做不了那种粗人干的活，每天都生活在被折磨的痛苦里。
后來王在晋到了天津，眼不见心不烦大家相安了好一阵，可是好景不长紧接着天启要求各军区督军必须在京里，王在晋又回到了北京跟倪元璐随时能碰头。本來倪元璐也可以去两河口躲避一下，谁知道王恭厂和两河口的两次爆炸让倪元璐得了一个灾星的称号，于是两河口也去不得了，只好在上林苑搞武器研究。
在倪元璐的主持下研究出來的新武器也有不少，什么开花弹子母枪炮攻城锤等威力都不小，但是天启不允许大范围装备担心出一个制不住的存在出來。倪元璐知道天启的本意但其他人不明白，要了几次都得不到答复于是开始怀疑倪元璐是不是在其中搞什么名堂，对倪元璐就有了这样那样的看法，其中就有一个老冤家王在晋。
王在晋资格老脾气爆管你什么监军不监军，见了面就向倪元璐提要求说渤海军区要装备炮船要倪元璐支持，倪元璐心道连打海匪和打红毛洋人的郑芝龙都沒有得到天启同意，渤海军区自然不可能轻易答应下來。王在晋见倪元璐只点头而沒有下文，新仇旧恨一起涌上心头，叫人连着向天启上了几道奏折，说倪元璐什么欺名盗世故弄玄虚不做正事。他上奏折其实也沒有什么，问題是他还把奏折内容不小心泄露出去，让大家看倪元璐的眼神都不一样。
今天正好趁孙承宗请客，倪元璐准备向自己的老师求救，本來这事就是因孙承宗而起，于情于理于公于私他都不应该袖手旁观。见孙承宗问起倪元璐回答说：“承老师费心过问，学生一切都很好，只是王大人的要求学生不好答应，引起了他的误会。”
孙承宗当然知道倪元璐跟王在晋不是现在才有的误会，他想了想说了一句半头半脑的话：“昨天宁夏总兵官贺虎臣送來军情急报，林丹汗的蒙古军已经绕过长城向西去了。”
林丹汗的事倪元璐是知道的，一个月前据说林丹汗在跟皇太极的拼斗中失利，准备向西翻越群山到朶甘去，想向明军借道过长城经西宁而去。林丹汗很诚恳地说自己的军队只从中宁夏路过，但明军哪里肯放手握马刀的千军万马从大明腹地过，一边婉言谢绝一边紧急求救于西北军区大总兵马世龙。马世龙接到急报立即率一万人星夜前來驰援，后面还有两万军队稍后跟來，严防蒙古人借不到路就來个强过境。
马世龙到了中宁夏以后立即派人加强防守，一边向朝廷禀报一边派人去见林丹汗，就说要过路可以但是武器得交
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