2003年的一个冬日，叠翠山佛学院学僧慧昱去了芙蓉山。他来这里一是寻找师父休宁，二是躲避孟悔。孟悔是休宁的二女儿，三年前因一次偶然的亲密接触爱上了慧昱，从此对他纠缠不休。慧昱听师父的大女儿孟忏说，孟悔打算春节前到叠翠山找他，所以他就到芙蓉山来了。慧昱和师父原在明洲通元寺住，但禅门高僧法泽老和尚圆寂之后，该寺被半路出家的明心把持，整天驱使僧人搞经忏活动赚钱，师徒俩便愤然离开，慧昱考上了叠翠山佛学院，休宁则住进芙蓉山的狮子洞，做了一名苦行僧。
师徒在芙蓉山相见十分高兴，但没过几天便出现龃龉，因为师父只想通过苦修“自了”，而慧昱却主张走大乘之路，普渡众生，建设人间佛教。在山上，慧昱认识了家住山下的秦老诌，这老人整天上山游玩，肚子里装有无数芙蓉山的历史文化掌故，让慧昱很感兴趣。
孟忏来看望父亲，父亲却不欢迎。休宁为自己在*中被迫还俗娶妻并且生下两个女儿一直感到羞耻。孟忏带来消息：妹妹去叠翠山没找到慧昱，便在那里的石钵庵出家了，休宁说这是胡闹。和孟忏一同上山的怡春市旅游局长云舒曼说，准备找客商投资重建芙蓉山飞云寺，建成后请休宁住持，慧昱协助。但春节后明洲老板郗化章来考察芙蓉山，提出条件，寺院建起后让他的儿子觉通担任住持，云舒曼和芙蓉县长程平安只好答应。那个觉通是慧昱的同窗，修习极差，整天上网勾引女孩。而觉通说，等他当住持，让慧昱跟着他干。慧昱愤懑不已，回佛学院之后决定也去“堕落”。他去石钵庵找孟悔，但没能见面，接着又去山下网吧玩游戏，和不良青年打了起来，被佛学院去人领回。叠翠山全山方丈兼佛学院院长明若大和尚问，本来品学兼优的慧昱为何犯戒，慧昱如实以告，并虔诚忏悔。大和尚为他解除心结，写了一个条幅给他，暗示他毕业后去芙蓉山。
觉通的父亲开始开发芙蓉山，休宁决定去朝拜五台山，以此作为修行方式。他三步一叩，风餐露宿，几个月之后“非典”爆发，他被阻在半途，只好在一座山上过起了岩栖溪饮的生活。“非典”盛行期间，慧昱在佛学院刻苦修习，收获甚丰。疫情解除之后，他跟随明若大和尚去韩国汉城一家寺院进行法务交流，对汉传佛教的现代化、人间化有了新的思考。毕业时，他为维护佛教声誉，在芙蓉山一带弘法利生，决定随觉通去飞云寺，并动员了另三位学僧同行。
这期间，住石钵庵的孟悔找过慧昱，慧昱却已制服了性海识浪，无动于衷。住石钵庵准备出家的华云向
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