中，科举失意的知识分子，涌入医学领域乃必然之势。大批知识分子由儒入医，改善了医生的文化素质和知识结构，改变了宋时攻外科者“多是庸俗不通文理之人”的状况，使医生的社会地位相应提高。这时交通发展，信息传递日益进步。医学家向大城市集中，且得以负笈四方以拜名师，深入民间作实际考察。再加上相对稳定的政治环境，为医学经验积累和传播，医学理论深化，创造了有利条件。这一时期出现了很多以医学著作，像《普济方》、《明医杂著》、《古今医统大全》、《针灸大成》等，《瘟疫论》和《本草纲目》就更不用说了，这些书都花费了我大量的时间和精力，当我合上《瘟疫论》的最后一页时，我对这本书的作者吴有性敬佩的真是五体投地，吴有性发展了戾气说，已接触到每种传染病有其特殊致病因子这一实质问题。他认为瘟疫之因，为无形之“戾气”，从口鼻侵入人体。戾气有多种，各有“特适”性和“偏中”性，即不同戾气具有侵犯一定脏器的特异性，人或动物对某种戾气也具有不同感受性。提出“能知以物制气，一病只有一药之到病已”的原则。把戾气侵入途径分为“自天受”(空气传染)和“传染受”(接触传染)，既可形成流行之疫，也可出现散发之疫。这已经很接近现代的传染病学了，可是现代的传染病学是建立在大量的科学研究的基础上的，借助了很多仪器设备才确定了致病因子，但在那个时代没有任何先进的仪器，作者可以得出这样的结论，的确是非常了不起的。
但是这些书中也有很多糟粕，充斥了唯心主义的思想，对于很多无法医治的疾病和不明的病因，作者往往将其归咎于老天和神灵，再就是归咎于道德，认为是做了坏事所遭受的报应。没办法，对于无法解释的事情，上天和神灵无疑是最好推卸责任的人选。
这些都没什么，我最感兴趣的还是外科手术，到了这个时代让我一下子出名的是凭着这手绝活，所以我最关心的是明代的外科学到底发展到了什么地步，陈实功的《外科正宗》给了我答案。可是说这本书代表了明代外科学发展的水平。陈实功一生致力于外科学，他集40年外科临床理论研究和经验总结，编撰了《外科正宗》一书，他重视理论联系实际，在医疗实践中，既重内治，也重外治，既强调宜手术者的早期手术，又反对给不适于手术治疗的滥施针刀。在这一思想指导下，提高了对若干外科疾病的认识水平，创造性地提出许多具有科学价值的医疗技术和外科手术。他首先强调外科治疗中必须配合饮食营养，认为“饮食何须忌口”，批判了无原则
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