军奉命驻守要害城市，并各统定员3万人的军队。黄德功奉命管辖淮南地区的11个州县，负责收复安徽，其驻地将是庐州；路振飞驻滁州统领泗州和滁州地区的14个州县，负责收复山东；刘良佐驻九江，负责长江防线；马士英则接着守他的信阳。四镇之上又设督师一名（史可法），驻扬州，直接统领各镇，这一部署基本上是一种防御战略，它反映了南明政权只顾守卫淮安地区和南京，而忽视对付来自北方日益增长的现实威胁的思想，以及河南等不稳定因素的影响。
从理论上讲，御敌之“藩屏”应符合南京政权的需要，由史可法驻扬州负责调度。然而，事实上，南京政权几乎无力为这些军队提供军饷，但又依赖于他们出于自愿的支持，以致不得不作出重大让步，使各镇拥有独立的财权和军权，于是四镇将领便成为实际上的割据势力。南京政府答应每年为这些军队提供饷银240万两，但物资与兵器费用要从当地税收中支出，各镇有权自行征税，所得收入不必上缴南京，还有权开荒、采矿和征收商税。各镇若能从我军或是清军手中收复失地，则亦划归该镇管辖，并享有同样的财政、军事特权，并且要求四镇轮流进京守备，一旦天下重新统一，四镇统帅将皆进爵为公，并子孙世袭。
如此的安排等于是在法律上已经承认了各镇的割据势态和地位，更加方便了各地便宜行事，开启了真正的群雄割据之门，这和晚唐的各路节度使割据情形几乎是没有什么太大的区别，对于这些政策的弊端不是没有人看见，事实上明朝的将士，特别是曾在前线作战的将领，纷纷抱怨说，原来的叛贼因杀人劫掠而得封赏，他们反而一无所获。文职官员也群起反对，著名学者刘宗周就曾从杭州上疏南明朝廷，请抑藩屏：
一重藩屏。黄德功、刘良佐有寄家江南之说，尤而效之，又何诛焉。一慎爵赏，败逃之将而得封，谁当不封者？
的确，当时许多人都清楚地看到，所有安排不过是一种极易识破的诱饵，对四镇统帅的封赏是因为他们对皇帝的“忠心”而不是因为他们有战功。
显然，史可法也认为，除非正式封拜四镇藩将，以换取他们对朝廷的忠诚——尽管这种忠诚是有条件的——否则，南京政权就毫无收复北方的希望。史可法也是没有办法，就算不封赏，人家也一样占着这些地方，只不过通过这种形势来暂时稳固南明政权罢了，这样他才能从容招募士兵，编练新军，到那时似乎就可以真正的挟军威北伐了，书生毕竟是书生，想问题过于理想化，他这边装备新军，难道其他藩镇就
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