而日本政府对中国留学生的大举涌入，却是持十分欢迎态度，并制定了一些便利的政策，以方便中国留学生在日本的学习生活。
日本政府当然不会是要好心为中国培养人材，而是有自己的盘算，一来是大量的中国留学生到来，可以促进日本国内的消费，可以使日本增加收入；二来日本政府还可以在中国留学生中扶植反清的势力，如果能为日本所用，能够培养出带路党自然是再好不过，既使不当带路党，在必要的时侯也可以放回给清廷添乱，也可以做为自己的筹码，因此日本政府不仅不限制反清团体的活动，还为其提供方便，甚致对一些有影响力的反清团体，还给予一定的扶持帮助，戊戌变法失败之后，日本政府收容了康有为、梁启梁等人，让他们得以在海外组织保皇会；还有一些日本政要和较有名望的团体领神建立私人交情。如孙医生建立的兴中会，就得到了一些日本的资助；而且孙医生本人就和多名日本政要有不错的私人交情。
当然，尽管日本政府在对待中国留学生的问题上，夹带了不少私货，但在客观上也确实有利于当时革命力量的发展，众多的革命者都能够在日本躲避淸廷的追杀迫害，而且由于日本离中国很近，因此一但有事发生，在几天之內就可以赶回中国，在旧时空里，孙医生能够聚集革命者，多次在中国发动起义，也和有日本这个根据地不无关糸。
不过从总体来看，日本留学生的素质远不及欧美的留学生，旧时空里的那些民国大师，或是科学家，多是留学欧美出身，这一方面是因为日本留学生大多都是自费，本身就良莠不齐，反正只要有钱就能出国，其中也不乏只想出国度一层金的，起点就差，成就自然就不会高到那里去；另一方面这个时代的日本教育水平，由其是中高端教育水平，确实也不怎么样。
而且日本政府也从中玩了不少小动作，首先是日本一流的大学基本不收中学留学生，而是由二三流大学接纳，而在学科上对中国留学生开放的以人文、艺术、医学、文化为主，而理工、物理、机械等学科则严加限制；而学习军事的限制就更大，中日学生都是分开授课的，很多重要的东西根本不教，就算是有教的，也是谬误多多。所谓“蒋百里留学日本期间，以毕业第一名成绩获得日本天皇御赐佩刀” 只不过是一个以讹传讹传说，根本就不是事实。
除了这些原因之外，中国留学生自身也有相当的责任，因为自费留学生大多家境较好，舍得花钱，而中日两国文化相近，中国留学生在日本的风俗习惯适应很快，由其是对日本的
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