童介绍自己和章太炎认识。这时，章太炎的鼓动反清革命的书《訄言》第一版已出版发行，蔡元培读了这本书后，便一直想认识书的作者。
1901年的上半年，蔡元培常住在上海，广泛收集各类新式学堂的学制和课程设置，经过综合比对和深入研究，他撰写了《学堂教科论》一书，由杜亚泉开办的普通学书室印发。这无疑是他对国家的教育事业做出的贡献。
继绍兴中西学堂之后，蔡元培开始执教的第二所新式学校是南洋公学。
南洋公学，由洋务派代表人物盛宣怀1896年创建于上海。清末民初，称江苏、浙江、福建、广东等沿海各省为“南洋”，称江苏以北沿海各省为“北洋”。南洋公学是中国近代历史上中国人自己最早创办的大学之一，也是上海交通大学和西安交通大学的前身。
在当时这所学校是报请清政府同意之后成立的，为了能为清王朝培养一批了解世界大势、有专门知识的人才，这所新式学堂专设了“特科班”。就是“专收优于国学、年力强健者，授以西学，以备将来经济特科之选”。
蔡元培在主持中西学堂时就关注过这所学校。1899年11月，蔡元培曾写信给在南洋公学任职的张元济，请其代购教科书，后又专门到上海徐家汇游览了南洋公学。
1901年5月，从绍兴中西学堂去职后赋闲的蔡元培，应上海澄衷学堂总理刘葆良之邀，前往襄助南洋公学校务。在此期间，他开始与南洋公学的督办盛宣怀有所往来，曾在6月间出席盛宣怀在南洋公学的宴请。
9月，南洋公学“特科班”开课，蔡元培正式受聘担任特班生总教习。中国近现代史上的许多著名人物，如邵力子、谢无量、李叔同、黄炎培等，都是蔡元培这个时期教过的学生。
“中国国民在极度痛苦中，还没有知道痛苦的由来，没有能站立起来，结合起来，用自力解除痛苦，这是中国根本弱点，你们将来出校，办学校以外，还要唤醒民众，开发他们的知识。这些固然可以靠文字，但民众识字的少，如能用语言，效用更广，你们大家练习演说罢！”
这是蔡元培在南洋公学担任总教习时，在公学里的学生组织的一次演讲会上，演讲的一段话。必须唤醒民众，这是他对戊戌变法失败的反思中获得最主要的认识。
蔡元培激情的讲演，让在场的很多学生泪流满面，也一下子把他和学生们的距离拉近。
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