御史文震孟，以及新任五军营提督勋臣卫时泰、三千营提督勋臣张庆臻等人的坐镇之下，按部就班地开始了大清洗。
这次的京营大清洗，针对的只是五军营和三千营，在新军第一镇一万五千人的虎视眈眈之下，除了老老实实接受甄别之外，任何的反抗都是徒劳的。
五军营、三千营所有千总职衔以上的勋贵子弟，都要受到兵部和锦衣卫的甄选审查，凡是原成国公府、襄城伯府，以及原阳武侯薛涟、抚宁侯朱国弼等被下锦衣卫狱中的公侯世家安排、推荐的将校官佐，全部按律论罪，只要沾上虚报冒领占役等问题的，一律直报皇帝，勾决后，就地斩首正法。
就这样，只用了三天时间，就完成了文震孟监军京营半年多来处心积虑想要完成却始终没有完成的甄选改编工作。
京师三大营里，除了讲武堂毕业之后新安排进去的，以及皇帝御笔圈定保留的之外，总兵以下三百四十九员，杀了二百八十四员，原成国公府、襄城伯伯、阳武侯府等勋贵世家，在京营之中的势力，被连根拔起，毛都没剩。
五军营和三千营也按照神机营的做法，在提督勋臣和坐营文官之外，安排了总兵官和副总兵。
神机营总兵朱国彦算是三大营里最配合监军御史文震孟的人了，因此继续得以保留，同时增设一个副总兵，由暂时不在京师的周遇吉直接升任。
提拔周遇吉，当然是皇帝的想法。
如今这位崇祯皇帝，之前并不知道他在京营任职，如今既然已经知道了，当然要尽快提拔重用他。
至于五军营的总兵官，则由如今正在讲武堂任职总教习的原辽东总兵官老将江应诏出任，而五军营的副总兵，则由在涿州练兵有功的原大同镇副将黑云龙升任。
五军营移防居庸关，兵力是足够了，今后主要是以稳守为主，而老将江应诏正是以稳如泰山见长，再配上一个攻如猛虎的黑云龙，居庸关当可无虑了。
最后，三千营的总兵官，则由在涿州练兵有功的原山西镇副总兵王廷臣升任。
王廷臣也是一员悍将，他在明末的结局，是战死在了与流寇作战的战场上，死的时候也是相当壮烈。
三千营以骑兵为主，正需要王廷臣这种擅长骑兵作战的总兵官。
而三千营的副总兵，皇帝则钦定了平壤伯刘兴祚的弟弟东江镇右路副总兵刘兴治担任。
这么做的原因主要是两点，一来把刘兴治调走，可以分解刘兴祚的势力，让他不至于跟毛文龙发生纷争
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