杨谅遭遇大雨水患，运输不继，军中缺少食物，又遭遇疾病。周罗睺自东莱出海，向平壤城进发，但中途遭风，船多飘没。水陆两路隋军不得不返回，死了十分之八九。
高句丽王见隋军声势浩大，担心第二次征伐于是上表谢罪，自称“辽东粪土臣元”。隋文帝见奈何不了他，也只好罢兵，算是忍了下来。
但到了隋炀帝时，高句丽婴阳王又背着隋朝，派使臣暗中交通突厥，想要两面夹击隋朝。当时正值隋炀帝北巡，停留在突厥启民可汗处，启民可汗不敢隐瞒，把事情告诉了隋炀帝。
隋炀帝非常生气，让人告诉高句丽的使节，让高句丽王来觐见，让其尽为臣之礼节，按时朝觐，则既往不咎，与启民可汗一视同仁。可是高句丽婴阳王坚持“不从”隋炀帝的意旨，隋炀帝便开始打定主意，一定要征伐这个有不臣之心的邻国。
大业六年，隋朝平定了契丹，吐谷浑等邻国，声势达到了顶峰。周边邻国除了高句丽之外，均表示了臣服。高句丽便成为了唯一的眼中钉和肉中刺，成为了隋炀帝彪炳文治武功的最大污点。征伐高句丽已经是箭在弦上，不得不发了。
黄门侍郎裴矩揣摩到了隋炀帝的心思，以高句丽本为箕子所封之地、今又不遵臣礼为由，劝说隋炀帝胁使高句丽王入朝。高句丽婴阳王高元果然不遵籓礼，给了隋炀帝征讨高句丽的借口。次年，隋炀帝正式下诏征讨高句丽，动员全国，想要一战以竟全功。
正是这个想法，断送了隋朝的大好局面。隋炀帝命令幽州总管元弘嗣往东莱海口造船三百艘，规定的日期非常紧张，官吏为了完成任务，监督造船工匠昼夜在水中干活，几乎不敢休息。由于长时间泡在水里，工匠们从腰往下都长出蛆虫，死了无数的人。隋炀帝又下诏集结天下的兵马，无论南北远近，都要汇合于涿郡。劳民伤财不说，大批的兵马集结，乱兵控制不力，周边的百姓怨声载道。
集结了天下军队之后，隋炀帝又另外征发了江淮以南水手一万人，弩手三万人，岭南排镩手三万人，又命令河南、淮南、江南造戎车五万乘送到高阳，用来装载衣甲幔幕，还征发民夫以供军需。大业七年秋，隋炀帝征发发江淮以南民夫及船运黎阳及洛口诸仓米到涿郡，船只相次千余里，载兵甲及攻取之具，长期来往在路上的有数十万人，挤满了道路，昼夜不停，死者相枕，臭秽盈路。还没开战，隋炀帝已经把天下搅合得怨声载道了。
此战隋军总共动员了一百多万主战兵马，堪称有史以来之最。唐朝如今也号称有百万兵马
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