避难地加埃塔城堡，但教皇拒绝返回罗马。罗马城中首次出现了没有政府的情况，因此市民在1849年1月21日举行了首届自由选举，以组成制宪会议，年满21岁的男性都可以投票。2月8日，制宪会议宣布成立罗马共和国，以三人执政委员会为元首，教皇仅保留宗教领袖的地位。
罗马共和国的宪法宣布宗教自由，给予犹太人平等地位，废除死刑，还取消重税、新增工作职位。意大利爱国者及军人朱塞佩·加里波第组织了一支名为“意大利军团“的志愿军，成为罗马共和国的武装部队。法国人算是搬起石头砸自己的脚，偷鸡不成蚀把米。本想瓦解奥地利对意大利北部的统治，没想到阴差阳错下居然被自由派上台。
当时的教皇被迫向天主教国家求救，法国总统路易·波拿巴遂联合奥地利出兵干涉。仓促组建的部队当然不是近卫兵团的对手，意大利爱国者在罗马城下战败，法奥军队此后继续追击加里波第军团，迫使加里波第率众前往圣马力诺避难，并将其军队解散。
教皇庇护九世在1850年4月重返罗马。作为回报，教皇国同意了法国军队驻扎在罗马城中，以保护教皇。得到保护的教皇国开始了依靠法国人的力量狐假虎威的日子。
此役后，意大利的民族主义者--既包括撒丁王国和萨伏伊王室为核心的君主主义者，也包括众多的共和主义者--将教皇国视为意大利统一的绊脚石。在撒丁国王的号召下，无数意大利民族主义者将教皇国视为眼中钉肉中刺。
然而统一战争并未如萨伏依幻想般的那么简单，法皇将教皇国作为其插手干涉意大利事务的筹码，一方面支持撒丁王国统一意大利，一方面则继续扶植和保护教皇国政权。在萨伏依王朝眼里，如果只有教皇国螳臂挡车的话，不过是如同草芥只需一击便会灰飞烟灭，可法国的军事力量存在于教皇国内那就不一样了。卖国，只有卖国才能维持的了统一！
第二次意大利独立战争后，撒丁王国在法国的帮助下从奥地利手中收复了伦巴底地区，爱国者加里波第将军则在两西西里王国发动革命，推翻了波旁家族的君主。加里波第试图在南意大利建立共和国，但是撒丁王国请求法国出兵，将意大利南部纳入自己的版图。
在得到法国的允许后，撒丁军队于1860年挥师南下，先在当地居民的配合下征服了教皇国东部三分之二的领土，随后进入两西西里王国。当年年底，这些被征服的领土都被撒丁王国正式吞并，统一的意大利王国正式诞生。此时教皇国仅剩下了以罗马城
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