养子的近卫天皇。而且在崇德天皇的让位声明上面写着“天皇让位于皇太弟”，这样，崇德天皇失去以天皇之父身份监护年幼天皇的资格。
由于继位的是异母弟，崇德天皇认为未来开设院政是不可能的事，因此对此事耿耿于怀。不久之后体弱多病的近卫天皇驾崩，朝廷召开会议讨论继位的人选。本来确定由崇德天皇的长子、美福门院的养子重仁亲王为新君，但由于关白藤原忠通的极力反对，决定改立美福门院的另一个养子守仁亲王继位。但是守仁亲王年幼，最终由守仁亲王的生父雅仁亲王登上皇位，是为后白河天皇，崇德上皇建立院政的愿望自此彻底破灭。
后来鸟羽天皇去世，崇德天皇与后白河天皇之间为争夺政权发生冲突，二人各自与藤原氏、源氏、平氏等诸家族势力集团结成同盟并爆发战争，史称“保元之乱”。最终后白河天皇突袭崇德天皇居住的宫殿，崇德天皇战败被俘。支持崇德天皇的关白藤原赖长在逃亡奈亮途中箭伤发作而死，死后被掘坟抛棺。崇德的追随者被全部斩首，这是日本350年间首次恢复死刑。
崇德在数十名武士的押解下乘船流放赞岐国，时人称之为赞岐院。天皇和上皇被流放外地，自764年藤原仲麻吕之乱淳仁天皇流放淡路以来这是首次。崇德上皇到达赞岐国之后，过著软禁的生活。其间他投身于佛教信仰之中，愿往生极乐世界，花费了三年时间以自己的血抄写了五部大乘经献上京都，希望借此赎罪，并恳求朝廷将佛经送往京都纳于寺中，可这个要求也遭到拒绝，后白河天皇还说他“活着已没有意义”。
崇德终于在被流放八年之后精神彻底崩溃，从此不理发不剪指甲，“变成天狗的模样”。崇德在自己血书的经文上写道：我抄写佛经是为了积累善业而赎罪，既然不被宽恕，就让那些业力投入三恶道，助我成为日本的大魔缘，“为君戮民，为民弑君”。写罢将经文沉入海底，咬舌自尽，享年四十六岁。
崇德死后日本灾祸不断，朝野上下无宁日，朝廷畏于其愿力而修庙宇供奉，甚至将崇德上皇灵位与大物主神合祀，但这似乎并未平息崇德的怨气，于是一场朝廷的灭顶之灾——“平氏专权”降临了，天皇自此失去了对国家的统治权，变成了一个象征，幕府时代的开启使日本从此陷入了长达七百年的战乱中。人们畏惧崇德的咒怨，称其为“日本国大魔缘”和“祸崇神”，更将其同菅原道真、平将门和早良亲王一起被成为古日本四大怨灵。
传说中崇德上皇的形象是金色的大鸢，酷似佛教中的护法神，手执
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