往长门海域，以牵制长门的守军，使其不敢救援大宰府。元军进攻长门的消息，震惊了镰仓幕府和京都。民心不稳，舆论惊慌，以致市中无米，民有饥色。谣言一个接着一个地传来：“元军占领九州、元军已从东海、北海入侵等等”。朝廷的公卿大臣尤为恐慌，在朝议中甚至有人主张迅速将朝廷迁往关东，招募武士浪人守卫京都等。后宇多天皇亲临神宫祈祷七昼夜，龟山上皇在清水神社祈祷，又派人去伊势神宫祝词：愿以身代国难。各王公大臣纷纷向寺、社献币、写经、诵经。
北九州镇西守护所得知元军进攻后，在镇西奉行少贰藤原经资率领下的守护部队立即前往救援。日军总指挥为藤原经资，大友赖泰作副手，在他们领导下，有藤原经资领导的“三前二岛”的御家人武士部队、大友的丰后武士部队、筑后守护北条宗政、肥后守护安达成宗的、以及岛津久经所率领的萨摩、大隅、日向三地的守护武士部队。参加第一线的战斗人员大约有四万余人，连藤原经资的父亲、八十四岁的入道觉惠都披甲上阵。此外，四国和中国地方部分御家人和武士，参加了九州的战争，宇都宫贞纲率领约六万中国地方的武士部队，作为后备军在必要时将前往筑前支援。
为了挽回军心士气，夜幕降临时，熟习近海作战的松浦党御家人草野次郎经永，率少数部下分乘小舟偷袭元军，纵火焚烧元军战船，乘元军慌乱之际斩首二十一级。这一果敢行动引诱了其他武士效法，偷袭元军彻夜不断。元军为预防偷袭，将大船调于外围，日军船小难以正面冲击。偷袭者至，元军以火炮强弩猛射，日本武士的小船非碎即穿，损失逐渐增加。日军统帅藤原经资见状下令，若无命令不准进行偷袭。
元军在大宰府经过短暂休整后，继续发动进攻，由于一连多日皆是晴天，打湿的火药得以晒干，元军的火炮又开始发威，每遇日军前攻，便先以火炮轰击，再以弓弩齐射，然后骑兵冲阵，日军根本无法抵挡，不过月余，九州全境便为元军攻占
九州失陷的消息震惊了日本全国，而忻都也为日军的强悍震动，在占领九州之后，他没有马上进攻四国和中国地方，而是派出了使者前往京都，晓谕日本统治者，要求其投降。但执权北条时宗不由分说，将元使斩首于镰仓龙口。消息传来，忻都等人百思不得其解。忻都愤怒之余，也打消了不战迫降日本的念头，专心的准备再次发动进攻，一举灭掉日本。
忻都等人对日本缺乏了解，并不知道，自古以来，决定日本与大陆外交走向的一直是朝权贵族，但是这一次，冒
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