度的南迁，使得大宁城成为了大宁都司在北方最重要的军事重镇。
大宁都司所面临的威胁主要是蒙古鞑靼部，例如大宁都司的兴和守御千户所在永乐二十年被鞑靼的阿鲁台攻占，其卫所人员随即潜入了宣府卫城，导致兴和守御千户所废弃。
与蒙古鞑靼部和瓦剌部不同，兀良哈部蒙古人与大明之间的关系十分密切，明建文元靖难之役爆发，永乐帝借助兀良哈蒙古人的支持击败了镇守大宁卫的宁王朱权，以平分天下为由诱使宁王加入了靖难大军。
后来，永乐帝又向兀良哈部借用000名精骑兵作为靖难军的精锐。
建文四年永乐帝登基后为了酬谢从战有功的兀良哈蒙古人，决定把大宁卫封赏给他们，同时还封三卫首领以都督、指挥、千户和百户等职；决定在开原、广宁两地开设互市，供兀良哈蒙古人和明朝进行交易活动。
不过，永乐皇帝承诺并没有完全兑现，大明后来从安全角度考虑不允许兀良哈蒙古人南迁到大宁地区驻牧。
兀良哈的蒙古各部为了获得大宁地区的驻牧权，联合了鞑靼阿速特部首领阿鲁台联兵进攻大明。
于是，永乐帝为了平定边患在14-144年连续三年亲征，曾率领军队深入屈裂儿河流域打击支持阿鲁台的兀良哈部蒙古人，使他们受到极其惨重的伤亡。
兀良哈部蒙古人并未放弃大宁地区，因此继续与大明进行缠斗，等永乐帝退兵后挥师南下进入滦河流域驻牧，对大宁卫虎视眈眈。
后来，鞑靼科尔沁部在阿岱汗和阿鲁台太师统率下迁入了嫩江流域，全力支持兀良哈部向南推进夺取大宁地区。
趁着这次鞑靼和瓦剌对大明发动的进攻，兀良哈部蒙古人终于进入了大宁城，可以再明朝长城边外驻牧。
截止宣德八年九月，兀良哈三卫在长城外的驻牧地分布为：朵颜部自大宁前抵喜峰口，近宣府；泰宁部自锦州、义州历广宁卫至辽河；福余部自黄泥洼逾沈阳、铁岭至开原。
自此，西拉木伦河和辽河以南，东起开原，西近宣府的长城边外，均属兀良哈人的地盘。
不过，虽然兀良哈三卫与大明就大宁地区摩擦不断，但自从他们接受了明太祖的封赏之后已经开始逐渐融入大明。
明太祖规定兀良哈三卫每年两贡，每次各五百人，由喜峰口出入，贡物有马、驼等物，永乐初年永乐帝还在辽东开东原和广宁（今辽宁北镇）等地设立马市，与三卫市易马匹，双方交流逐渐增多。
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