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此后荷兰人崛起，经历多年战争，迫使西班牙承认其独立，并逐渐成为海上霸主。
荷兰人在马六甲，击败葡西联军之后，逐渐控制南洋航道，并开始对大明沿海进行骚扰。
在天启二年，荷兰乘着汛期，明军撤防，占据了澎湖，并开始修筑要塞，澎湖要塞完工后，又从巴达维亚又派去了一批援军，荷兰人总兵力已经达到十五艘战舰和一千二百余名士兵。
这样规模的部队在欧洲殖民史上已经不算小了，西班牙人征服印加，也差不多就这点人马。
荷兰人只觉得大明又是一个印加，根本不相信各种游记中提到的有关中**队的数字，他们不自量力的提出：“非经荷兰人允许，中国船只不得随地到各处贸易”，也就是说他们要垄断中国对外贸易。
荷兰人的要求，对于大明而言，显然感到十分荒唐，而荷兰的无礼和不断的骚扰，也最终激怒了大明。
天启三年，大明主战派官员南居益出任福建巡抚，遂即登岛作战，荷兰人号称纵横七海，但还是支撑不住，被迫在明军监视下拆除经营两年的澎湖要塞，灰溜溜的扬帆退去。
根据明史记载，在达成协议后，荷兰副将高文律等十二人拒绝服从命令，“据高楼自守”，最后被全部捕获，和其他荷军战俘一起，落得“献俘于朝”的下场。
九年之后，好了伤疤忘了疼的荷兰人，再次卷土重来，而这一次，比上一次，更加猖狂，荷兰人提出要求，只要明朝以后的对外贸易，就只能出口给荷兰一个国家，如果不同意，那就打到你服为止。
明朝崇祯六年（1633），由荷兰海军总督普特曼斯亲率十三艘荷兰战舰，以突然袭击的方式，再次挑起战端，结果在料罗湾海战中，参战的荷兰舰队九艘以及荷兰招揽的五十多艘海盗船，被郑芝龙打的全军覆没。
荷兰人声称要打服明朝，结果自己被打的全军覆没，这对于欧洲的海上霸主而言，无疑是一种耻辱。
此后郑氏水军，成为东海、南海的霸主，荷兰人不得不屈服，每年不仅要给郑芝龙缴纳赋税，还要花钱购买郑氏的令旗，才能保证在远东水域的安全。
自此，郑芝龙被称为“闽海王”，此后东南海疆唯郑芝龙是从，来往内外商人皆用郑氏旗号，史载：“每一舶例入三千金，岁入千万计，并筑城于安平。”
大明与荷兰的几次交手，都已荷兰人的失败而告终，现在郑之龙降清，荷兰人觉得机会又来了，于是再次出来兴风作浪，
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