《暧暧内含光》是一部带有科幻色彩的爱情影片，同样是一部讨论爱情哲学的剧情片。
说它是爱情片，是因为它是以爱情，婚姻，家庭为主要内容的故事片。说它是科幻片，是因为它是以“修改记忆”这一尚未揭示的科学原理为基本依据，加以想象，在营造的幻想虚拟世界中展现某一戏剧事件的影片。
整部电影带在科幻色彩的包装下，在大的回环式结构下，运用时空混乱、情节破碎的非线性叙事结构将对爱情的探讨层层推进，大致可以分为序幕、开端、发展、高潮、结局、尾声六个部分。
非线性叙事结构，不同于三幕式和五幕式线性叙事结构，它打破和解除了电影的单一时间向度，使时间片段不再完整，甚至产生前后完全颠倒的效果。
而基于现实的因果关系情节、事件情节和动作被非现实的主观心理逻辑取代。
这部电影最为人津津乐道的是其复杂破碎的叙事结构、古典超现实主义的摄影风格和影片色调的一些应用。
序幕——暗示背景：
电影开头的前十七分钟，通过倒叙的方式把故事结尾的一部分放到了影片最开始，描述了张北和林秋再次相遇的过程，男女主角在命运的安排下都乘上了去往滨海的火车，张北对陌生的林秋心有好感，而女主也大方地主动和他搭讪。
开头的序幕实际上暗示了两人曾相识的背景。
接下来时交代背景——故事的开始：
序幕之后，故事一转，从张北自“空白读档公司”咨询回来的那天夜晚，也就是他即将删除记忆之前开始。在这一部分中，主要故事顺序推进，并通过插叙交代已经做完手术的林秋全然不认识张北，张北一怒之下找到“空白读档公司”的过程。
这一部分的结构处理交代了张北同样选择去做记忆清除手术的背景原因，也为后续情节的发展做了铺垫。
紧接着就是故事的发展阶段——主要回溯张北和林秋的交往经历：
在解释张北去咨询记忆清除的原委之后，主要情节仍然顺序推进，开始讲述张北准备手术和手术进行的过程，同时又在清除记忆的过程中回溯两人的交往经历，包括恋爱过程中种种矛盾的产生，这个阶段对爱情的多元刻画层层深入，从而明确两人爱情裂缝产生的原因。
在这个阶段，次要人物关系例如博士李明诚和钟雪、孙海平与钟雪、刘杰和林秋的关系也浮现了出来。
另外，张北这一回忆过程和现实中的手术进程
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