因南京城里或许还有试图顽抗的反抗势力，方原此时就入城并不能确保安全。
景杰便请方原先去南京城外的驿站等候，由他先入城安民，招降纳叛，待局面稳定后，方原再入城主持大局。
两日间，金陵商帮的赵明义，乡绅的代表刘敬在第一时间就到了南京城外的驿站拜见了方原。他们献城的计划出了岔子，若方原借题发飙的话，完全可以再复制一场绍兴府的大抄家。
他二人见了方原便大哭着跪拜在地，磕头不止，“方总督，我们是被守备太监韩赞周扣押了，不是和阮大铖、韩赞周他们勾结引方总督入局的，请方总督明鉴啊！”
方原倒也不信他们早已投靠，事到临头又去玩两面三刀，也就采信了他们的说法，忙起身扶起二人，善言抚慰，“所谓谋事在人成事在天，任何计划也可能有意料之外的变化，是吧！本督从未责怪过你们，大可宽心。大战初定，金陵商帮就配合玄甲军在南京城里安民；刘老就联合各县的乡绅安抚乡里的百姓，一应如旧，不得惊恐生乱。”
二人得了而他的宽恕，终于算过了关，对他的宽厚是感恩戴德，连忙叩首拜谢而去。
三日后，南京城里的景杰传来了消息，阮大铖已逃出了南京城，前去和采石矶的马士英汇合。
南京城也已恢复了战前的次序，商铺开始照常营业，百姓也开始出门寻常营生。
唯一难缠的就是南京城的户部尚书高弘图，翰林院詹事姜曰广，之前的南直隶总督吕大器，率领南京城的文武百官，守在承天门前的大广场前，坚决不让玄甲军踏入承天门半步。
南京紫禁城的布局和北京紫禁城几乎一样，自明朝中期以后，朝廷因财政紧张，再也没有花银子修葺过南京紫禁城，大部分宫殿也已荒废。真正还在使用，保留下来的只有奉天殿正殿，承天门大广场东侧的五部办公区，西侧的五军都督府，还有就是专供宫女、太监居住的后宫几个宫殿。
南京群臣坚决不令方原踏入承天门的缘由，就是因承天门之内，就是皇宫的宫城，非皇帝召见不得入内。方原若擅入了承天门，就是大逆不道之罪。
方原对这些顽固守旧的大臣是颇为无奈，就这么前去皇宫，必然会和他们爆发冲突，这不是比谁拳头硬就能解决问题的。而且道理说到天上去，他一个朝廷驸马擅自攻打南京城，也是僭越犯上。
方原令人将苏州城的吴越王朱慈焕，太湖基地的坤兴公主一同接来了南京城，简要的告知了二人南京皇宫前的情景
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