亲自督帅士兵上阵攻击吴兵。周瑜奋身而起，巡视各营，激励将士杀敌，曹仁只好退走。孙权任命周瑜为偏将军，兼仁南郡太守，并把下隽、汉昌、州陵三个县作为他的奉邑，让他屯兵于江陵。
赤壁之战后，周瑜向孙权献计软禁刘备，直接管理刘备阵营的军队部属，孙权认为曹操在北方仍需牵制，又认为刘备恐怕难以控制，所以没有采纳。
建安十五年（210年），孙权批准了周瑜提出征伐益州的方案，但在周瑜赶回驻地江陵，准备出征的路上时得了重病，最终卒于巴丘（今湖南岳阳），时年三十六岁。孙权听闻哭泣道：“公瑾有王佐之资，然而寿命短促，我还能依赖什么呢？”又亲自穿上丧服为周瑜举哀，感动左右。周瑜的灵柩运回吴郡时，孙权到芜湖亲迎，各项丧葬费用，全由国家支付。孙权称帝后，对公卿说：“如果没有公瑾，我是当不上皇帝的。”
汉献帝兴平二年（195年），周瑜收到了孙策从历阳（今安徽和县）送来的书信，来信邀他共下江东。正在寻找政治出路的周瑜收到书信后，马上率领自己的部曲家兵数千人奔赴历阳。同时，他还带去了大批舟船粮秣。周瑜及江东名士程普、张昭等人协助孙策先后打下秣陵、湖孰、江乘等地，赶走扬州刺史刘繇，占据他的治所曲阿（今江苏丹阳）。十几天的时间，孙策的军队增加二万余人、战马千匹，威震江东。在继续东进之前，孙策把镇守江东要镇丹阳（今江苏南京）的重任委以周瑜。
后来周瑜拒绝袁术册封的将军称号，向袁术提出要到居巢（今安徽桐城南）为长的请求。居巢离长江很近，周瑜的企图是，从居巢顺流而下直奔江东。袁术不知周瑜假途东归的用意，竟满足了周瑜的要求。在居巢，周瑜结识了临淮东城（今安徽定远）的豪族鲁肃。在他的劝说之下，鲁肃放弃东城长的官职，背叛袁术，与周瑜结伴东渡。孙策考虑舒县周氏是庐江的名门望族，派周瑜为督，可以充分利用他的家族的社会影响，以招募人马，延揽人才，扩大力量。
建安四年（199年），孙策与周瑜分率二万余人偷袭皖城。轻取皖城后，周瑜随从孙策在寻阳和沙羡，分别打败回师救皖的刘勋以及赶来救授的黄祖。经过几次大仗，孙策俘获对方部曲士兵三万余人，战船七千余艘，实力大增。通过这次向西用兵，豫章（今江西南昌）、庐陵（今江西吉水西北）一带也尽归江东所有。战争结束后，周瑜以中护军、领江夏太守的职务（孙策授予周瑜这一职务是在取皖城之前）镇守巴丘（今湖南岳阳），防范占据荆州（今
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