遣都护何融怀玺至枋头，交给晋安西将军谢尚，谢尚又送至建康（南京），时为东晋穆帝永和八年（352），至此，传国玺历四十二年而复归于晋。从晋元帝东渡以后，历数帝都没有传国玺，以至北人嘲笑说：“司马家是白板天子。”（《太平御览》卷682《仪式部三·玺》）及永和得玺，人们这才把东晋视为正统。玺至建康，百僚毕贺。玉玺其重若此。
公元420年，晋恭帝禅位于刘裕，玺入宋。后历齐、梁，至梁简文帝时，侯景叛乱，夺传国玺。侯景兵败，部下侯子鉴定其玺，走江东，因怕追兵赶上，将玺投入建康栖霞寺井中，为寺僧永行所得。陈永定二年（558年），永行北子晋智乃以传国玺献陈武帝。（《五代会要》）
隋文帝灭陈，从陈后主处得传国玺。隋朝末年，隋炀帝携带2传国玺南巡扬州，在江都被缢死，玺属宇文化及。宇文氏兵败，隋亡。萧后携太子元德携传国玺遁入漠北突厥。
唐初，太宗李世民因无传国玉玺，乃刻数方“受命宝”、“定命宝”等玉“玺”，聊以**。贞观四年（公元630年），李靖率军讨伐突厥，同年，萧后与元德太子背突厥而返归中原，传国玺归于李唐，太宗龙颜大悦。
唐传二百七十余年至昭宗。唐天佑四年（公元907年），朱全忠废唐哀帝，夺传国玺，建后梁。十六年后，李存勗灭后梁，建后唐，传国玺转归后唐。又十三年后，石敬塘引契丹军至洛阳，后唐废帝李从珂，与曹太后、刘皇后携传国玉玺登玄武楼。石敬瑭陷洛阳，李从珂自杀，于是传国玉玺失踪，又成就千古疑案。
传国玺从发现和氏璧始，传至唐末，计一千六百余年。可是从此不知所踪。
后周太祖郭威时，遍索传国玺不得，无奈镌“皇帝神宝”等印玺两方，一直传至北宋。。宋太祖“陈桥兵变”受禅后周，仅获后周两方宝印，未获传国玺。 由于历代封建统治者极力扬获得传国玺是“天命所归”、“祥瑞这兆”，因此，在宋、元、明、清，均有“传国玺”不断问世。真真假假，难以分辨。
宋哲宗绍圣四年（1097年），咸阳县民段义在河南乡掘地得一宝印，色绿如蓝，温润而泽。次年正月送至京师，经蔡京等辨识，确认为秦制传国玺。三十年后，金俘徽宗、钦宗二帝，宝玺也被金人掳去。
元世祖至元年间，太师国王之孙、通政院使硕得死后，妻子病重，儿子只有九岁，家境艰难，遂以家藏的一块宝玉托御史台通事阔阔术拿到市上出售，因非寻常物制，无人敢买，后为权
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