南京城可以说是一场大明和刑天军之间最大规模的一场会战，加上战前刑天军的准备时间，历时总共一个月的时间左右，整体上歼灭了南直隶官军近十万左右，其中有近八万官军是主动放下了武器投降了刑天军，这些人之中近三分之一后来被刑天军重新整编，归入到了肖天健麾下，其余的则令其解甲归田，遣返回原籍务农抑或是就地安置做工。
对于那些南京留守官员，其中大部最终不是被刑天军生擒，就是直接投降了刑天军，对于这部分官员，肖天健也择其中有能力之人予以留用，其余的则发至各地编管。
但是也有十几个南京留守官员，最终城破之际选择了以身殉国，要么带着家丁死战被杀，要么便选择了自尽。
至于刑天军入城之后，在城中勋贵、豪绅、贪官家中抄没出来的财物，就不用细表了，绝对是一个惊人的数字，起码让肖天健吃两年是没问题的，至于缴获的甲胄、武器，自然也不是少数，起码再武装起来几万精兵也是没有多大的问题的。
而值得一提的是其中的历史名臣史可法，他在定淮门被破的时候，坐镇城西一带的聚宝门，听闻城破之后，他带着义子史德威率兵赶往城北，试图力挽狂澜，将定淮门重新夺回来，但是何奈在他得到消息之后，孙应元已经战死，大批刑天军已经攻入城中，史德威麾下官军在遭遇刑天军之后，仅仅是坚持了不到一个钟头，便自行溃散，最终史德威被擒，史可法在回天无力之下，跳下了城墙殉国而死。
肖天健直至南京城彻底被控制之后，亲自过问之下，才找到了史可法的遗体，对于史可法的死，肖天健颇为无奈，也十分痛惜，不过他也知道，这是没有办法的人，对于史可法这样忠贞的大明之臣，即便是抓住了他，也很难说服他投降自己，最终他还是会选择赴死的，这也许就是他这样的人的命运，国倾之时，是免不了会出现这样的事情的。
于是肖天健便下令收殓史可法的遗体，同样也予以厚葬，同时他抽时间在下葬史可法的时候，还亲自前去上香，予以纪念，算是成全了他这样一个忠臣的忠名。
同时肖天健下令厚待史可法的家人，保护他的家人和财产不受任何骚扰，在南京城之中就地择地安置，并且将一处没收的院子赐给了他的家人居住，也算是给予了最高的礼遇。
而单单打下南京城，还不是南直隶之战的结束，在肖天健控制了南京城之后，立即便派罗立刘耀本等将开始朝着四周攻略了起来。
南京城的失守，丁启睿被俘，无疑
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