攻打澎湖太容易了，李长庚舰队经过上次的打击，实力大大削弱，而且随着周琅占据了漳泉、福州等地后，李长庚甚至无法在闽海立足，澎湖孤立于福建和台湾之间，连最基本的粮食都无法自给自足，就算不去打他，恐怕澎湖守军也在琢磨着走呢。
但出乎意料之外的是，李长庚竟然选择了死守澎湖，真的废了周琅一番功夫。拥有优势火力的舰船虽然没有损失，可人却死了三百多，这是周琅起兵以来，单次战役中伤亡最大的一次，打广州和福州都没伤亡这么大。
打澎湖诸岛，动用了三十艘舰船，出动了四千步兵，耗费了二十天时间。但战果也很辉煌，李长庚舰队被歼灭，澎湖落入了周琅之手。满清最能打的水师将领李长庚阵亡于阵前，也算不辱没一个军人的身份，只可惜他是以一个汉人的身份，为一个异族的政权牺牲，不免有些惋惜。
占领澎湖之后，从此经过台湾海峡前往北方的任何船只，不管是海盗也好，商船也罢，都处在了周琅势力覆盖之下，周琅可以考虑向往来商船征收过路费了。
只是耽误的二十多天时间，让周琅颇为惋惜。随着跟陈周全约定北伐事宜，周琅的战略做出了调整，他满足按照部下们的野心，攻略整个福建。有陈周全在浙江分担压力，周琅只需要面对江西和广东的清军，压力大大减轻，而且根据周琅的估计，清廷肯定会将重点放在打击陈周全上来，对付他的更多可能只是地方部队，在这种情况下，他要是还不敢行动，那就不是谨慎，而是懦弱了。
所以他马上决定，放手一搏，拿下整个福建。
因为需要在清军反攻之前，建立起稳定的防御体系，所以周琅的时间很紧迫，他必须跟清军拼速度，所以澎湖的军事行动就影响了周琅的行动。
派去澎湖的三十艘战船倒不是问题，因为周琅的舰队现在已经扩张到了五十艘，派去三十艘战船，他还有二十艘控制福建海域，全面控制或许不可能，但绝没有人能在海上威胁到周琅战舰的福建沿海州县。
主要是派去攻打澎湖的几千步兵，削弱了周琅用来攻略福建的兵力。
从台湾已经调来了一万步兵，另外两万海盗军也完成训练，暂时作为步兵使用，但却没有能力给他们全部装备步枪，有一半人不得不拿着缴获的长矛。周琅能动用的兵力，总计四万人，澎湖就占去了十分之一，而且是最具有战斗力的经验丰富的老兵，当然会影响战局。
因为用兵之处实在太多，要占领整个福建，那就需要确保挡住清军
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