八旗两部内部割据的势力跟布哈拉汗国的战争，但由于嘉庆对回部、浩罕的内部清洗，许多前线的回部、浩罕軍队直接投降了布哈拉汗国，嘉庆要求布哈拉汗国归还逃人，对方拒绝，结果引起了这场战争。
嘉庆也并不是有扩张的野心，他手下才不过两百万人口，农牧业各半，费尔干纳盆地正在开发中，足够他折腾。他主要是担心回部、浩罕旧部跟自己治下的回部、浩罕百姓内外勾结，引起叛乱。所以除恶务尽，一定要置回部、浩罕叛军于死地，尤其是其中的宗教领袖，是一定要除掉的。
嘉庆手下有一支训练有素的火枪兵，由汉八旗训练，蒙八旗的骑兵实力也已经恢复，并且也按照俄国，而不是传统的方式组建，蒙八旗骑兵现在都配上了昂贵的胸甲，采用墙式冲锋，而不是迂回的方式作战，装备着火枪和马刀，而不是弓箭。
布哈拉汗国的軍队则主要还是传统形势，虽然也装备了大量的步枪、火炮，但组织形式却是冷兵器时代的，战争爆发后，嘉庆以少胜多，不断向布哈拉国境推进。先后攻占塔什干、奇姆肯特，一直打到土耳其斯坦城，将布哈拉在锡尔河流域的势力全部清除。挥军南下，先后在撒马尔干和布哈拉打了两场决定性会战，占领布哈拉之后，布哈拉汗国灭亡。
布哈拉汗国在中亚一直屹立不倒，有相当的农牧业基础，人口一百多万。而且统治范围很广，连阿富汗的一部分都在布哈拉汗国的统治之下，但真正的核心统治区只有以布哈拉、撒马尔干为中心的，泽拉夫尚河到阿姆河之间的区域，周边地区的统治十分薄弱，存在大量游牧部落。
嘉庆没有急着进攻，而是迅速吞并消化布哈拉汗国的农业地区，将所有的农业人口都并入汉八旗，尽管这些农民的模样跟汉人完全不一样。将牧人编为布哈拉八旗，划定牧场，严禁游牧，以十家牌法控制，比蒙古帝国时期的百户、千户制的控制力更严密，直达底层。
稳定了布哈拉汗国核心区域之后，嘉庆继续追击残敌，进入了阿富汗境内。
此时的阿富汗，局势十分复杂。
正处于杜兰尼王朝统治的晚期，内斗不断。
游牧民族总是因为一个英雄而兴，又因为英雄之死而没落。1747年以前，阿富汗出于波斯人的统治之下，1747年，波斯统治者纳迪尔沙被他的禁卫军闯入他休息的帐篷，把他刺杀。这个纳迪尔沙也是一个英雄人物，在他之前，波斯被阿富汗人统治，他即位后先后驱逐了阿富汗人把入侵的奥斯曼人赶出波斯，但他死后，波
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