于是幕府不得不做出了妥协，他们接受了强藩的要求。但从长州藩手里要回了但马、播磨两国，将长州藩的领地压缩在十二国，除了旧有的长门、周防，同意石见、安云、出云、备后、备中、备前，伯耆、美作、因幡和隐岐十国并入长州藩，让长州藩一跃而成200万石高的超级大名。
其他强藩，比如萨摩、熊本、土佐等强藩的扩张也得到了承认。同时确认了以仙台为中心的伊达家族对陆奥国（陆前、中、后）的支配权，秋田藩对出羽国（羽前、后）的支配权，也确认了松前藩对虾夷国的统治权。
认可这些强藩可以自由觐见天皇的权力，允许他们自行经营本国物产、商业，西南强藩和东北强藩也可以不执行参觐交代，给出的理由是他们路途太远，但强藩们接受了向幕府象征性进贡的要求，继续保持幕府名义上的统治。
中国领事全程参与谈判，但始终不发表明确的态度，也不肯在最后的条约上签字。
条约签订之后，各方撤兵，裁减軍队，休养生息，一场内战结束，只留下了大量孤儿寡妇，兴起了一批新的军事贵族，日本依然四分五裂。
英国人再次找上们来，他们是催长州藩还钱的，但长州藩否认了他们向英国人借过钱。英国人手里有凭据，他们拿着长州藩藩臣村田清风代表长州藩跟英国签订的条约作证。结果村田清风当着英国使者的面否认，表示说钱都让他中饱私囊了，藩主毫不知情，然后对英国使者表示抱歉，为了给英国人一个交代，他当着英国人的面，切腹自杀了。吓的英国使者裤子都湿了。
长州藩耍了无赖，可英国人耍无赖耍了几百年，才刚刚绅士起来，无赖手段还没忘记，文的不行，他们可是会动武的。
然后英国派出了军舰，这次他们直接找幕府，说幕府既然是日本合法政府，就应该替地方政府偿还债务，幕府有中国做后盾，当即拒绝了这无理的要求，英国軍舰赶往长州藩的港口马关，威胁要炮击马关，攻占港口。
这时候得到消息的中国軍舰赶到，跟英国軍舰对峙了半日后，英国人退缩了。
在中国的支持下，长州藩成功的赖掉了这笔他们不可能承担得起的债务，中国之所以支持长州藩的赖账行为，目的是告诫英国，不要试图在中国周边扶持傀儡，那样连本钱都收不回来。
一场内战，虽然没有改变日本割据的面貌，反而加强了割据势力。但这场战争，不可能没有任何影响。
事实上，影响很快就出现了，战后，不管是
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