不顺利，因为不敢胡乱尝试怕伤害到真嗣，而且灵核散发的能量场也在不断的干扰她的探查。
后来，seele的高层找到她，居然想要让碇唯把他们所有人的灵魂都转化为数据保存起来。碇唯这才明白，他们为了完成人类补完计划，到底下了多大的决心。
要知道，转化之后，没了身体的他们自然也就没了感觉，甚至连人类的感情都会一点点‘冻结’掉，那样子对绝大部分人来说都是生不如死的。而且补完要是真的完成，他们这些已经转变灵魂形态的人自然不会被莉莉丝所容纳，到时可就真的死无葬身之地了。
在完成真实灵魂数据化的过程中，碇唯的研究也取得了重大突破。她偷偷复制了一份自己的灵魂，之后以数据之火的形式依附到了碇真嗣的灵核上。
终于，她从灵核上取得了一些支离破碎的片段信息。正是因为这些信息，让他们的计划再次改变。
灵魂是有轮回的，这一点已经经死海文书得到了确认。但让碇唯和碇源渡没想到的是，连时间和空间，都存在‘轮回’，亦或说是‘回溯’。
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