和李文侯，之后韩遂又用计杀死了凉州刺史耿鄙和汉阳太守傅燮，当时在耿鄙手下担任军司马的马腾见势投靠韩遂并与之结为异姓兄弟，割据一方。
当时各路军阀受命勤王，董卓在率军前往洛阳前，任命马腾与韩遂驻防长安。后马腾被任命为征西将军，屯于郿城。
马腾忠于汉室，参加了十八路诸侯讨董。
不久后，董卓兵败，马腾的手下与韩遂手下发生摩擦，导致两家失和，率兵相互攻打，先是马腾将韩遂打败，韩遂又纠集了一些人马还攻马腾，杀了马腾的妻子。
于是两家成为仇敌，相互攻打。后两家在钟繇、韦端及张既等人的调解和劝说下，又重归于好。
后来李郭专政时期，朝中侍中马宇等连结马腾韩遂讨伐李郭二人。马腾率兵进攻长安，马宇等事败被杀，马腾军粮耗尽，被迫退兵。
曹操控制朝廷时，汉献帝写下了衣带诏，由董承召集刘备、马腾等人起兵讨伐曹操。事件失败后，马腾回到西凉拥兵自重。
曹袁相争之际，曹操以汉帝的名义急调马腾助战，马腾于是派长子马超协助钟繇击败郭援、高干等人。马腾转拜前将军，封为槐里侯，长居槐里十数年。
马腾在槐里十余年间“北备胡寇，东备白骑，待贤进士，衿救民命”，使三辅一带在战乱中免受一了段时间的战争骚扰，得到了十年的安定，三辅一带的人民对马腾相当爱戴。
后来，马腾“自见年老，引入宿卫”，曹操在发动南征之前，将西部有威胁的马腾以提升马腾官职为由，招入京做官，官封卫尉，应该是掌管京城（当时的许昌）的宫门的职务，但是，全家却被曹操移到了邺城去。
马腾入朝为官，马腾的三个儿子马超、马休、马铁等人认为不入宫是逆命；侄儿马岱认为曹操心怀叵测，入京有危险。
马腾综合各人意见，还是入京参见曹操。马家各人也同意这是非常危险的，只好小心行事。于是长子马超留守西凉，马腾带领五千人马前往，二子马休和三子马铁为先行部队，马岱押阵。
大队人马在许昌二十里外郊外停下，通知曹操。曹操打算派行军参谋黄奎前去接待马腾，诱他入城面见皇帝，然后趁机令人擒捕马腾。
殊不知这位黄奎，心中很痛恨曹操，而黄奎亦清楚知道，马腾从前曾参加衣带诏密谋杀曹。两人饮宴时，互相研究，如果入朝面圣，不太安全，倒不如反过来要求曹操巡察兵营，乘机杀他。马腾和黄奎计划订好，黄奎因喝醉就先回府休息。
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