不久，诸军之间发生摩擦，相互火拼，联合军至此解散。
初平二年（191年），曹操在东郡大败于毒、白绕、眭固、於扶罗等，袁绍表其为东郡太守。
初平三年（192年），青州黄巾军大获发展，连破兖州（治昌邑，今山东巨野东南）郡县，阵斩兖州刺史刘岱。
济北相鲍信等人迎曹操出任兖州牧，曹操和鲍信合军进攻黄巾，鲍信战死。曹操“设奇伏，昼夜会战”，终于将黄巾击败。
当年冬天，获降卒三十余万，人口百余万。曹操收其精锐，组成军队，号青州兵。又助袁绍打败刘备、单经及陶谦诸军。
初平四年（193年）春天，曹操在匡亭六百里大追击大败袁术、黑山军、南匈奴。徐州牧陶谦率军攻入兖州南部的任城，曹操率军征讨陶谦攻克徐州十余城。
初平四年（193年）秋天，曹操的父亲曹嵩来曹操处路上，被陶谦派兵杀害，曹操遂进兵徐州（治郯，今山东郯城），向东南扩展势力。
陶谦退守郯县，不久曹操军粮将尽，撤围回军。次年夏，曹操再征徐州，略地至东海。
曹操征徐州期间，所过大肆杀戮，一路上“鸡犬亦尽，墟邑无复行人”。这时，东郡守备陈宫对曹操不满，于是与陈留太守张邈、张邈之弟张超、从事中郎许汜及王楷等同谋叛乱，迎吕布为兖州牧。
吕布为当时名将，先为董卓部将，后与王允定计诛杀董卓。一番征战之后，当时只有鄄城（今山东鄄城）和东郡的范（南范县）、东阿（今山东阳谷）两县尚在曹操掌握之中，分别由司马荀彧和寿张令程昱、东郡太守夏侯惇等坚守，形势异常危急。
曹操从徐州赶回，听说吕布屯于濮阳，遂进军围攻濮阳。二军相持百余日，蝗灾大起，双方停战，曹操军还鄄城。
此时，曹操失去了兖州（治今山东郓城西北），军粮已尽，袁绍派人来劝说想让曹操投靠他，让曹操举家迁到邺县当人质。
曹操本打算答应袁绍，多亏程昱劝阻，曹操才打消这个念头。兴平二年（195年），曹操整军再战吕布，三败之，破定陶（今山东定陶）、廪丘（今山东郓城西北）等，平定兖州。
吕布逃往徐州投靠刘备，七月，因李傕、郭汜的火拼，汉献帝从长安东归，下诏让各路诸侯勤王。
建安元年（196年）八月，曹操迎汉献帝。辛亥，汉献帝封曹操为司隶校尉，录尚书事。庚申，迁都许昌。十一月丙戌，汉献帝封曹操为司空，行车
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