当NERV的训练基地因为内部竞争而变得热火朝天时，一场看不见的瘟疫，正在东京这座都市的脚下，悄然蔓延。
小野田博士投下的那管“菌巢之心”，在阴暗潮湿的下水道系统中找到了最完美的温床。
经过一段时间的发酵，淡黄色的菌丝网络已经彻底占据了包括东京、京都在内的数个核心版块的地下水道系统。
它如同一张巨大的神经网络，将城市的地下动脉彻底包裹、侵占，悄无声息地汲取着养分，积蓄着力量。
最初，生活在这座城市里的人们，只是从一些生活细节中，发现了一丝奇怪。
“奇怪，最近家里的下水道怎么老是堵？”一位家庭主妇在厨房里，一边用疏通剂费力地处理着水槽，一边向丈夫抱怨，“通过一次，没两天又堵上了，水流下去的速度越来越慢。”
“是吗？我们公司厕所也是，物业都来修了好几次了，说是管道里长了些奇怪的滑腻腻的东西，怎么也清理不干净。”她的丈夫看着报纸，随口应和道。
地铁站内，一名清洁工正费力地擦拭着站台边缘的地面。“真是见鬼了，这几天地面怎么这么潮，拖了一遍又一遍，总感觉黏糊糊的，空气里还有股……说不出来的土腥味。”他对着同事抱怨道。
市政厅的电话都快被打爆了，一名工作人员看着屏幕上急剧上升的报修工单，焦头烂额：“整个东京的排水系统流速下降了近40%！派出去的检修队也查不出原因，管道里什么都没有，就是水流得慢！”
社交媒体上，也开始出现一些零星的帖子。
“【求助】有没有人知道，为什么我家猫最近老是冲着厕所的地漏哈气？跟见了鬼一样！”
“楼上+1，我家的狗也是，半夜老是冲着墙角狂叫，以前从来没有过。”
“你们有没有觉得，最近街上流浪猫狗的数量好像少了很多？”
这些零散的、看似毫无关联的异常现象，并没有引起人们足够的警惕。
对于一个拥有数千万人口的超级都市而言，这些都只是再平常不过的“城市病”。
直到半个月后的一天，这份被忽略的异常，终于以一种最直观的方式，呈现在了所有人的面前。
傍晚，东京的一栋高级公寓楼内。
一名年轻的白领结束了一天的工作，正准备洗个热水澡。
当他走进浴室，打开花洒的瞬间，喷涌而出的，并非清澈的热水，而是一股混杂着黄色粘液的
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