到曹操身边，担任了他的主簿（秘书长），从此进入了曹操政权的核心。
曹操自称丞相的当年，就南下荆州（湖北湖南），在赤壁一战而败，最终逃回邺城，再也不敢轻言南下。虽说中国从此一直保持分裂状态，不过对于曹操控制的中国北方来说，和平的生活终究还是来到了。司马朗在曹操的身边，经常提出重要的建议。比如，在大战之后，人口死亡过半，田地荒芜、千里赤地，司马朗就向曹操建议，恢复西周时期土地统归国有的井田制，不过由于井田制实在是过于落后，和当时的社会环境严重不符，所以这个建议没有被实行。
司马朗提出的最重要的一条建议，就是让州郡领兵，也就是让刺史、太守这些省长、市长们也拥有带兵的权力。在曹操时代的初期，军事胜于一切，将军们往往操纵着一个地方的全部权力，也就是说，只有中央军没有地方军，只有野战军没有固定驻军。在战争时期，这种制度是非常有利于军队快速反应调动的，但是到了曹操几乎占据整个北中国以后，在和平时期，固定的、被地方行政长官领导的地方驻军，就非常有必要存在了。曹操听到司马朗这个建议以后非常同意，很快，曹操政权的中央军和地方军逐渐分离，中央军往往是由各大将军们带领，而地方军就由刺史、太守、县令这些省长、市长、县长们带领了。
在不断提出建议的同时，曹操也越来越欣赏司马朗。不久，司马朗功德圆满，到相对和平的兖州（河南东部）担任了刺史，从此成为省长级的高官。当时，虽然说兖州已经基本和平，可是毕竟是连年大战之后，人口死亡极为严重，活着的人也缺吃少穿。司马朗到任以后，仍然是坚持教育和安抚为主，他虽然贵为刺史，却整天穿粗衣、吃粗粮，带着人们艰苦创业，在司马朗的带领下，整个兖州的风气焕然一新，人们很快抚平了战争带来的巨大伤痛，投入到轰轰烈烈的恢复建设中来。
公元217年，在曹操的命令下，司马朗跟着夏侯惇、臧霸到达居巢（安徽巢县）去打孙权，就在这个时候，中国北方爆发了一次史无前例的大瘟疫，许多知名的人物，比如说曹操时代最闻名的文化明星组合——“建安七子”中的五位，都在这次瘟疫中死掉了。司马朗那些人一到居巢，军队里就立刻爆发了大规模的瘟疫，司马朗亲自去巡视伤员、送医送药，结果也不幸被传染，很快就暴死在军营里，享年只有47岁。临死的时候，他为了不铺张浪费，特意要求将士们给他脱去盔甲官服，换上简朴的便装下葬。
司马朗是个非常传统的儒教徒，
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