解救矩阵之中的人们，告诉他们真相，加入到反抗机器的队伍里面去，这部分人以墨菲斯为代表！
因为墨菲斯这些人来自矩阵，他们脑袋上保留有插头，可以重新接入矩阵，当墨菲斯遇见先知后，先知告诉他想要战胜机器，就必须找到一个人，他才是真正的救世主。
在这样的背景下，电影的真正主角，也就是救世主尼奥出现了！
这名叫做尼奥的黑客从电脑上接到一系列讯息，循着信息他和一名叫做崔妮提的女子接头。崔妮提告诉尼奥，他正处在危险之中，母体正在找他。
第二天，传说中的黑客墨菲斯给尼奥打来了一通电话，同样的信息也是有人要来抓他！说话间，一帮不怀好意的黑衣人气势汹汹的冲了进来，虽然有墨菲斯的精确引导，但尼奥却依然被黑衣人给逮捕了。
黑色西装、墨镜外加耳麦，这副打扮活脱脱的跟保镖有些类似，黑衣人满不在乎的强迫尼奥帮他们找到恐怖分子墨菲斯，甚至用一只机械昆虫放入尼奥的肚脐眼里面。
在一连串恐怖体验之后，尼奥从噩梦中惊醒，这时墨菲斯打来电话，约尼奥出来见面。墨菲斯对尼奥说，想必你也已经察觉到，这个世界有些不对劲，冰之岛他心中的一个疑问：母体是什么？
墨菲斯给尼奥一个机会，让他见识一下母体的真面目，拿出了两粒药丸，红色的药丸会带来真相，蓝色药丸则是让他可以回到日常生活，忘记现在发生的一切。
这里是林翰最欣赏的台词部分，“你是否做过这样的梦，尼奥？梦中的一切都真切得如同现实一样。要是你无法从这样的梦中醒过来会怎么样？你怎么确定自己能分清梦幻世界与真实世界？”
这里跟先前林翰写过的《盗梦空间》有一定的相似之处，梦跟现实如何区分。
言归正传，尼奥在吞下了红色的药丸之后就从睡梦当中醒过来，他诧异的发现自己赤裸身体躺在培养皿里面，身上插满了各种管线，环顾四周，目力所及之处，都是这无穷无尽的培养皿，每个培养皿里面都躺着有人类！
震惊的尼奥被冲进下水道，墨菲斯的飞行船将他救起，然后开始给他讲解世界的背景，第一位救世主建立了锡安，当他死后，先知预言了他会再度降临，摧毁母体，结束人和机器的战争，而尼奥就是救世主再世！
连接上管线，尼奥直接开始学习各种武术，并且在接下来和墨菲斯的对话中了解到自己可以做的更快，甚至躲开子弹。
在接受了一系列的训练之后
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