墨菲斯带着尼奥进入母体，面见先知。可先知却含混地否认了尼奥是救世主，这让尼奥心里有些释然。
就在一行人准备下线时，却中了母体的埋伏，作为母体杀毒软件的黑衣人特工早就在尼奥他们下线的地点设下重重包围！
墨菲斯为了掩护尼奥被捕，同时飞船上的队友也遭到暗算，他们当中出了一个叛徒。
飞船上的墨菲斯还处在睡眠接线当中，如果现实中的他死亡或者掉线的话，那么母体里面被黑衣人特工抓捕的墨菲斯就会死亡。
这些黑衣人特工为了从墨菲斯的口中得到锡安的主机密码，他们派出机械乌贼攻击尼奥他们的本体。
尼奥跟崔妮提决定再次进入母体，经过激烈的战斗之后，终于救回墨菲斯！
当墨菲斯跟崔妮提成功下线之后，尼尔虽然利用经典的那幕子弹时间躲避子弹，但依然还是不敌特工，再次开始逃亡。
同一时刻，特工们之前派出的乌贼开始入侵船体，能对抗乌贼的只有EMP（电磁脉冲），但EMP会毁掉所有运行中的电子设备，必须等尼奥下线了才能使用。
可是在母体中，尼奥却在最后关头被特工给击毙，虚拟和现实中的尼奥都即将死亡！
在崔妮提的一吻之后，母体当中的尼奥以救世主的身份复活了，他掌握了随意修改母体的能力后，他看母体如同看代码，轻易地停住了空中的所有子弹。
作为救世主的尼奥和母体的战争，这也才刚刚开始，后面就是《黑客帝国》第二部跟第三部的剧情了！
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