原著，但流传既久，版本非一。其为后人增损、改易之处亦颇有之。如《自序》之文句，不同版本互有出入。《悟真篇》本文编排次序、个别字句等，各本亦不一致：《性功诗》有录有不录，有记为三十二首、三十五首、三十六首等，然就全书而言，此等出入尚无关宏旨。
《悟真篇》突出强调阴阳二字，如《悟真篇·序》：“要须洞晓阴阳”，“阴阳互用之奥妙”，律诗第七：“调停火候托阴阳”，第八：“阴阳得类归交感”，第十二：“草木阴阳亦两齐，若还缺一不芳菲。初开绿叶阳光倡，次发红花阴后随。常道即斯为日用，真源返此有谁知?报言学道诸君子，不识阴阳莫乱为。”《西江月》第六：“阴阳数足自通神”，第十二：“阴阳否隔却成愆，怎得天长地远”。其它或显言，或隐寓，阴阳之义者可谓通篇皆是。何谓阴阳?阴阳者，即对立统一中矛盾之两方。古人用以状事物之属性，以自然界言，天属阳，地属阴； 日属阳，月属阴。以人身言，男属阳，女属阴。以一身言，气属阳，神属阴(中医则有腑属阳，脏属阴……)。以心性言，则以真知(元性)属阳，灵知(识神)属阴。不仅《悟真篇》，凡内丹之书无不强调阴阳，所谓：“一阴一阳之谓道”。阴阳二字为一哲学概念，至其具体所指，则因功法不同而异。
按内丹之学约可分为四派：一、阴阳派，二、清静派，三、清静阴阳综合派，四、主性派(以性兼命)。就《悟真篇》各种注本而言，翁葆光、戴起宗等注疏属阴阳派，朱元育，董德宁等注属清静派，陈致虚、陆西星等注属综合派，刘一明注属主性派，即独标性宗，以性兼命，性全命立派。
阴阳派所用功法称“栽接法”，张三丰《无根树》说：“梅寄柳，桑接梨，留与修真作样儿。自古神仙栽接法，人老原来有药医”。阴阳栽接之法亦称“人元丹法”，由于此法牵涉到两性问题，而多讳言其事。民间流传之某些邪门歪道，则伪冒南宗，诈称人元，危害于人。
阴阳法门之基本论点在于强调“以人补人”，所谓：“竹破竹补，人破人补”，“篱破还将竹补宜，抱鸡须用卵为之”，“牝鸡自卵，其雏不全”，“同类易施功，非种难为巧”等。明·孙汝忠《金丹真传》说：“安师曰：物无阴阳，安得启孕?牝鸡自卵，其雏不全。我本外阳而内阴，为离为汞，非得彼之真铅，逆来归汞，何以结圣胎而生佛生仙？彼本外阴而内阳，为坎为铅，非得我之真汞，顺老投铅，何以结凡胎而生男生女?故顺则人，逆则丹，有旨哉。丹经中每每言此丹房中得之，非御
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